По идее у муниципалитета должна быть собственная служба по захоронению

Не самая здравая «идея». Вполне можно обойтись договорами с частными ритуальными фирмами.

долг более миллиона рублей и это только перед работниками предприятия по зарплате

Налогоплательщик заплатит. Он добрый.